Если нужно проверить какой элемент совпадает в том, или ином массиве, или наоборот НЕ совпадает, то можно использовать функцию array_diff:

<?php
$arr[1] = "PHP"; 
$arr[2] = "HTML"; 
$arr[3] = "CSS";

$arr2[1] = "PHP"; 
$arr2[2] = "PAINT.NET"; 
$arr2[3] = "DREAMWEAVER";

$diff = array_diff($arr, $arr2); 
print_r($diff);
?>

Отображение в браузере:

Array ( [2] => HTML [3] => CSS )

Если нужно, чтобы сравнивался еще и строковый индекс массивов, то тут уже нужно использовать функцию array_diff_assoc:

<?php
$arr["one"] = "PHP"; 
$arr["two"] = "HTML"; 
$arr["three"] = "CSS";

$arr2[1] = "PHP"; 
$arr2["two"] = "HTML"; 
$arr2[3] = "DREAMWEAVER";

$diff = array_diff_assoc($arr, $arr2); 
print_r($diff); 
?>

Отображение в браузере:

Array ( [one] => PHP [three] => CSS )

Если вам нужно найти общие элементы массивов, то вам поможет функция array_intersect:

<?php
$arr[1] = "PHP"; 
$arr[2] = "HTML"; 
$arr[3] = "CSS";

$arr2[1] = "PHP"; 
$arr2[2] = "PAINT.NET"; 
$arr2[3] = "DREAMWEAVER";

$diff = array_intersect($arr, $arr2); 
print_r($diff); 
?>

Отображение в браузере:

Array ( [1] => PHP )

Если при нахождении общих элементов массивов нужно учесть и индекс, то, по аналогии array_diff_assoc, используйте функцию array_intersect_assoc.